skip to Main Content

ابزاری از MATLAB برای غنی‌سازی مسیر با استفاده از امتیاز نظم مسیر مبتنی بر توپولوژی

عنوان انگلیسی: A MATLAB tool for pathway enrichment using a topology-based pathway regulation score
سال نشر: ۲۰۱۴
نویسنده: Maysson Ibrahim,Sabah Jassim,Michael Anthony Cawthorne,Kenneth Langlands
تعداد صفحه فارسی: ۱ – تعداد صفحه انگلیسی: ۱۰
دانشگاه: The Buckingham Institute for Translational Medicine, the University of Buckingham, Buckingham, MK18 1EG, UK
نشریه: Process Safety and Environmental Protection
کیفیت ترجمه: ترجمه پلاس

چکیده

پیشینه: رسیدگی به مقدار وسیع داده‌های تظاهر ژنی تولیدشده توسط روش‌های نمای نسخه‌برداری ژنوم، یک کار چالش‌برانگیز است که نیازمند ترکیبی آگاه از روش‌های پیش‌پردازش، فیلتراسیون و تحلیل دارد اگر که قرار باشد نتایج زیست‌شناختی معناداری حاصل شود. برای مثال، طیفی از آمار سنتی و رویکردهای تحلیل مسیر محاسبه‌ای برای شناسایی فرایندهای بسیار ارائه‌شده در داده‌های ریزآرایه به‌دست‌آمده از حالت‌های مختلف بیماری استفاده‌شده است. اگرچه، اکثر این رویکردها تمایلی در بهره‌برداری از کل طیف داده تظاهر ژنی یا روابط مختلف و وابستگی‌ها ندارند. قبلاً، ما ابزار تحلیل غنی‌سازی مسیر را در MATLAB که یک امتیاز نظم مسیر (PRS) را با در نظر گرفتن علامت‌دهی توپولوژی مسیر و بیش نمایندگی و بزرگی ژن‌هایی که به‌طور متفاوتی ظاهرشده‌اند به دست می‌دهد. در اینجا، این رویکرد را برای شامل شدن مسیر متابولیک گسترش دادیم و استفاده از رابط کاربر گرافیکی (GUI) را توصیف کردیم.

Abstract

Handling the vast amount of gene expression data generated by genome-wide transcriptional profiling techniques is a challenging task, demanding an informed combination of pre-processing, filtering and analysis methods if meaningful biological conclusions are to be drawn. For example, a range of traditional statistical and computational pathway analysis approaches have been used to identify over-represented processes in microarray data derived from various disease states. However, most of these approaches tend not to exploit the full spectrum of gene expression data, or the various relationships and dependencies. Previously, we described a pathway enrichment analysis tool created in MATLAB that yields a Pathway Regulation Score (PRS) by considering signalling pathway topology, and the overrepresentation and magnitude of differentially-expressed genes (J Comput Biol 19:563-573, 2012). Herein, we extended this approach to include metabolic pathways, and described the use of a graphical us
۲۲۰,۰۰۰ ریال – خرید
امتیاز شما:
(No Ratings Yet)
Back To Top