استفاده از ساختارهای پروتیین سه‌بعدی برای استخراج QSARهای ۳ بعدی

به طور فزاینده ای، ساختار سه بعدی ماکرو مولکولی در یک پروژه طراحی دارو شناخته شده است. این ساختار را می توان برای غربالگری مجازی پایگاه های اطلاعاتی ترکیب و برای طراحی نوین لیگاندها استفاده کرد.زمانی که لیگاندها شناسایی شدند و برخی از داده‌های پیوندی یا فعالیت در دسترس هستند، (QSARها دیدن واژه‌نامه)را می توان برای کمک به طراحی اصلاحات برای بهبود فعالیت لیگاندها به دست آورد.طیف گسترده‌ای از روش‌ها برای استنتاج QSARها وجود دارد، از رویکردهای "کلاسیک" مبتنی بر ساختارهای مولکولی ۲ بعدی لیگاند، از طریق روش‌هایی که ساختارهای ۳ بعدی لیگاند را به آن‌هایی که از ساختار سه‌بعدی گیرنده ماکرو مولکولی بهره‌برداری می‌کنند، استفاده می‌کنند.برخی از این روش‌ها در این مقاله تشریح و مورد بحث قرار گرفته و تمرکز اصلی بر روی آن رویکردها با استفاده از اطلاعات ساختاری ماکرو مولکولی است.

The three-dimensional structures of proteins are being solved apace, yet this information is often underused in quantitative structure–activity relationship (QSAR) studies. Here, we describe and compare methods for exploiting protein structures to derive 3D-QSARs. These methods can facilitate molecular design and lead optimization and should increasingly become a standard component of the drug designer’s repertoire.Section Editors:Paul Lewi, Frits Daeyaert – Center for Molecular Design, Janssen Pharmaceutica N.V., Vosselaar, BelgiumThe use of quantitative structure–activity relationships is essential for the fast optimization of lead compounds. Wade et al. give an overview of 3D-QSAR methods, both ligand and target-based. Ligand-based methods can be subdivided into methods that are or are not dependent on the alignment of the ligands. When structural information of the targeted enzyme is available, a situation which is more and more common, this can be exploited to derive better QSARs.