بازسازی کامل و تجسم شبکه های تنظیمی غیر کد کننده در انسان

توجه تحقیقات معطوف به درک نقش عملیاتی RNAهای غیرکدکننده (ncRNAs) شده است. بسیاری از مطالعات، نقش عدم تنظیمی آنها در سرطان و دیگر اختلالات انسانی را نشان داده اند. ncRNAها در مایعات خارج سلولی بدن انسان وجود دارند، از جمله در سرم و پلاسما، و توانایی زیادی به عنوان نشانگر زیستی غیرتهاجمی دارند. اما، RNAهای غیرکدکننده اخیرا کشف شده اند و پایگاه داده جامعی که تمام آنها را دربرداشته باشد، وجود ندارد. بازسازی و تجسم شبکه برهمکنش های ncRNA، مراحل مهمی در درک مکانیزمهای تنظیمی آنها در سیستم های پیچیده هستند. این کار، یک پایگاه داده ncRNA-DB به نام NoSQL را ارائه می کند که تعامل داده های ncRNA را از مخازن آنلاین بزرگ با هم یکپارچه می کند. ncRNA-DB در http://ncnadb.scienze.it/ncrnadb ارائه شده است و مجهز به سه سطح است: مبتنی بر وب، خط فرمان و برنامه کاربردی Cytospace به نام nclNetView. با دستیابی به یک منبع، کاربران می توانند ncRNAها و برهمکنش های آنها را جستجو کنند و شبکه ای با تمام ncRNAها و بیماری های مرتبط بسازند و از تمام ویژگیهای بصری و کاوش موجود در Cytospace استفاده کنند.

Research attention has been powered to understand the functional roles of non-coding
RNAs (ncRNAs). Many studies have demonstrated their deregulation in cancer and other
human disorders. ncRNAs are also present in extracellular human body fluids such as
serum and plasma, giving them a great potential as non-invasive biomarkers. However,
non-coding RNAs have been relatively recently discovered and a comprehensive database including all of them is still missing. Reconstructing and visualizing the network
of ncRNAs interactions are important steps to understand their regulatory mechanism
in complex systems. This work presents ncRNA-DB, a NoSQL database that integrates
ncRNAs data interactions from a large number of well established on-line repositories.
The interactions involve RNA, DNA, proteins, and diseases. ncRNA-DB is available at
http://ncrnadb.scienze.univr.it/ncrnadb/. It is equipped with three interfaces: web based,
command-line, and a Cytoscape app called ncINetView. B