شبیه سازی(روش تکثیر) گلدن گیت

روش‌های مونتاژ DNA ابزار ضروری برای تحقیقات بیولوژیکی و بیوتکنولوژی هستند. بنابراین روش‌های مختلفی برای شبیه سازی کردن بخش¬های DNA مورد استفاده قرار گرفته‌اند. روش‌های مرسوم معمولا نیاز به چندین گام شبیه‌سازی برای ایجاد یک ساختار مورد علاقه دارند. در هر مرحله یک قطعه DNA از پلاسمید دهنده یا فراورده PCR به بردار گیرنده منتقل می‌شود. در چند سال گذشته، تعدادی از روش‌ها برای تسهیل و تسریع این فرآیند توسعه داده شده‌اند. یکی از این روش‌ها، شبیه‌سازی گلدن گیت است که اجازه می‌دهد تا ۹ قطعه همزمان در پلاسمید گیرنده قرار گیرند. شبیه سازی توسط پیپت در یک لوله منفرد تمام اهدا کنندگان پلاسمید، ناقل گیرنده، آنزیم محدود کننده IIS و لیزاز انجام می‌شود و در یک چرخه حرارتی قرار داده می‌شود. علی‌رغم سادگی روند شبیه‌سازی، اکثر شبیه سازی¬ها بعد از تبدیل، شامل سازه مورد انتظار بودند. با این حال استفاده از شبیه‌سازی گلدن گیت نیازمند استفاده از پلاسمیدهای دهنده و گیرنده می‌باشد. ما در اینجا یک پروتکل توصیف چگونگی طراحی این پلاسمید و همچنین توصیف شرایط لازم برای انجام واکنش مونتاژ را ارایه می‌کنیم.

DNA assembly methods are essential tools for biological research and biotechnology. Therefore various methods have been developed to clone DNA fragments of interest. Conventional methods usually require several cloning steps to generate a construct of interest. At each step, a single DNA fragment is transferred from a donor plasmid or PCR product to a recipient vector. In the past few years, a number of methods have been developed to facilitate and speed up this process. One of these methods, Golden Gate cloning, allows assembling up to nine fragments at a time in a recipient plasmid. Cloning is performed by pipetting in a single tube all plasmid donors, the recipient vector, a type IIS restriction enzyme and ligase, and incubating the mix in a thermal cycler. Despite the simplicity of the cloning procedure, the majority of clones obtained after transformation contain the expected construct. Using Golden Gate cloning however requires the use of carefully designed donor and recipient p