عنوان انگلیسی: Identification of candidate biomarkers and analysis of prognostic values in ovarian cancer by integrated bioinformatics analysis
سال نشر: ۲۰۱۶
نویسنده: Zhanzhan Xu,Yu Zhou,Yexuan Cao,Thi Lan Anh Dinh,Jing Wan,Min Zhao
تعداد صفحه فارسی: ۱۲ – تعداد صفحه انگلیسی: ۸
دانشگاه: Springer Science
نشریه: Process Safety and Environmental Protection
کیفیت ترجمه: ترجمه پلاس
چکیده
چکیده: سرطان تخمدان اولین دلیل ایجاد سرطان های مرگ آور زنان و زایمان است. برای شناسایی ژن های کلیدی و microRNA ها در سرطان تخمدان، مجموعه اطلاعات میکرواری mRNA، GSE36668,، GSE18520، GSE14407 و مجموعه اطلاعات microRNA GSE47841 از بیان ژن مجموعه اطلاعات Omnibus دانلود شده است. ژن های بیان شده DEG2 و میکروRna های (DEMs) با استفاده از GEO2R حاصل شدند. آنالیزهای عملکردی و غنی سازی مسیر برای DEGs با استفاده ازاطلاعات DAVID انجام شده است. برهمکنش شبکه پروتئین-پروتئین (PPI) توسط STRING انجام گرفت و توسط سیوسکوپ قابل دیدن شد. آنالیز بقای کلی (OS) ژن های قطبی با ابزار آنلاین Kaplan–Meier انجام شد. انالیز واحد شبکه PPI با استفاده از MCODE انجام گرفت. علاوه برآن miRecord برای پیشگویی هدف DEMS اجرا شد. نهایتا تعداد ۳۴۵ DEMS تامین شد عمدتا با فرآیند سیکل سلولی، میتوز و تخمک گذاری در ارتباطند. یک شبکه PPI ، متشکل از ۱۴۱ گره¬ و ۲۶۹ edge ساخته شد. ۱۶ تا از ژن ها درجه های بالایی در شبکه دارند. بیان بالا چهار ژن از ۱۶ ژن با OS بیماران مبتلا به سرطان تخمدان، شامل CCNB1، CENPF، KIF11 و ZWINT مرتبط است.
Abstract
Ovarian cancer is the first leading cause of mortality in gynecological malignancies. To identify key genes
and microRNAs in ovarian cancer, mRNA microarray
dataset GSE36668, GSE18520, GSE14407 and microRNA
dataset GSE47841 were downloaded from the Gene
Expression Omnibus database. Differentially expressed
genes (DEGs) and microRNAs (DEMs) were obtained using
GEO2R. Functional and pathway enrichment analysis were
performed for DEGs using DAVID database. Protein–protein interaction (PPI) network was established by STRING
and visualized by Cytoscape. Following, overall survival
(OS) analysis of hub genes was performed by the Kaplan–
Meier plotter online tool. Module analysis of the PPI network
was performed using MCODE. Moreover, miRecords was
applied to predict the targets of the DEMs. A total of 345
DEGs were obtained, which were mainly enriched in the
terms related to cell cycle, mitosis, and ovulation cycle
process. A PPI network was constructed, consisting of 141
nod
and microRNAs in ovarian cancer, mRNA microarray
dataset GSE36668, GSE18520, GSE14407 and microRNA
dataset GSE47841 were downloaded from the Gene
Expression Omnibus database. Differentially expressed
genes (DEGs) and microRNAs (DEMs) were obtained using
GEO2R. Functional and pathway enrichment analysis were
performed for DEGs using DAVID database. Protein–protein interaction (PPI) network was established by STRING
and visualized by Cytoscape. Following, overall survival
(OS) analysis of hub genes was performed by the Kaplan–
Meier plotter online tool. Module analysis of the PPI network
was performed using MCODE. Moreover, miRecords was
applied to predict the targets of the DEMs. A total of 345
DEGs were obtained, which were mainly enriched in the
terms related to cell cycle, mitosis, and ovulation cycle
process. A PPI network was constructed, consisting of 141
nod
محصولات مشابه
امتیاز شما:
(No Ratings Yet)
(No Ratings Yet)