عنوان انگلیسی: Quasi 4D-QSAR and 3D-QSAR study of the pan class I phosphoinositide-3-kinase (PI3K) inhibitors
سال نشر: ۲۰۱۲
نویسنده: Reihaneh Safavi-Sohi,Jahan B. Ghasemi
تعداد صفحه فارسی: ۲۶ – تعداد صفحه انگلیسی: ۱۰
دانشگاه: Chemistry Department, Faculty of Sciences, K. N. Toosi University of Technology, Tehran, Iran
نشریه: Process Safety and Environmental Protection
کیفیت ترجمه: اقتصادی
چکیده
۳ – کیناز کلاس I در حال حاضر بررسی شده و به عنوان یک هدف امیدوار کننده برای درمان های ضد سرطان مورد توجه قرار گرفته است. مدل ۴ بعدی شبه QSAR توسط یک مجموعه آموزشی متشکل از ۳۰ پیمانه مهار کننده PI3K کلاس I توسعه داده شده است. این روش مبتنی بر ایجاد پروفایل سازگاری کلی برای هر ترکیب به جای تنها یک ساختار است، و سپس محاسبه انرژی های متقابل بین مولکولی در هر نقطه از شبکه با توجه به پروب ها (کاوشگر ها) و تمام سازگاری های هم ترازی حاصل از شبیه سازی پویایی مولکولی است. مقایسه‌ای از روش پیشنهادی با روش آنالیز میدان مولکولی تطبیقی (CoMFA)انجام شده است. این نمونه به طور مشترک ویژگی های اصلی CoMFA و مدل های ۴ بعدی QSAR را بررسی می کند. بهترین مدل ۴ بعدی QSAR به صورت آزادانه ای با همبستگی شانس، قابلیت اطمینان و توانمندی اعتبارسنجی نامتوازن leave – N – out و Y – randomization علاوه بر تجزیه و تحلیل مجموعه تست مستقل، بررسی می‌شود. پارامترهای آماری بهترین مدل ۴ بعدی QSAR عبارتند از R2 = 0.871، q2LOO = 0.661 و R2 Pred = 0.751. نتایج مدل پیشنهادی تطابق خوبی با مطالعه docking دارد که قبلا توسط Rewca
Abstract
The class I phosphoinositide-3-kinases (PI3Ks)
is currently investigated and attracted as a promising target
toward anticancer therapies. The quasi 4D-QSAR model is
developed by a training set of 30 pan class I PI3K inhibitors. This methodology is based on the generation of a
conformational ensemble profile for each compound
instead of only one conformation, followed by the calculation of intermolecular interaction energies at each grid
point considering probes and all aligned conformations
resulting from molecular dynamic simulations. A comparison of the proposed methodology with comparative
molecular field analysis (CoMFA) formalism has been
performed. This paradigm explores jointly the main features of CoMFA and 4D-QSAR models. The best
۴D-QSAR model is checked for free from chance correlation, reliability and robustness by leave-N-out crossvalidation and Y-randomization in addition to analysis of
the independent test set. Statistical parameters of the best
۴D-QSAR model
is currently investigated and attracted as a promising target
toward anticancer therapies. The quasi 4D-QSAR model is
developed by a training set of 30 pan class I PI3K inhibitors. This methodology is based on the generation of a
conformational ensemble profile for each compound
instead of only one conformation, followed by the calculation of intermolecular interaction energies at each grid
point considering probes and all aligned conformations
resulting from molecular dynamic simulations. A comparison of the proposed methodology with comparative
molecular field analysis (CoMFA) formalism has been
performed. This paradigm explores jointly the main features of CoMFA and 4D-QSAR models. The best
۴D-QSAR model is checked for free from chance correlation, reliability and robustness by leave-N-out crossvalidation and Y-randomization in addition to analysis of
the independent test set. Statistical parameters of the best
۴D-QSAR model
محصولات مشابه
امتیاز شما:
(No Ratings Yet)
(No Ratings Yet)