c302: چهارچوبی چندمقیاسی برای مدل‌سازی سیستم عصبی کنورابدیتیس الگانس

پروژه OpenWorm هدف بلندپروازانه ایجاد مدل درون رایانه‌ای خیلی دقیقی از کرم کنورابدیتیس الگانس دارد. بخش حیاتی و بسیار مهم این کار مدلی از سیستم عصبی خواهد بود که همه انواع سلولی و ارتباطات شناخته شده را دربرمی‌گیرد. سطح مناسبی از جزئیات بیوفیزیکی لازم برای مدل عصبی جهت بازسازی رفتارهای سطح بالای مشاهده شده در این کرم هنوز تعیین نشده که باید این مهم صورت پذیرد. به همین خاطر ما چهارچوب c302 را توسعه داده‌ایم به منظور اینکه امکان توسعه نمونه‌های متفاوتی از شبکه‌های عصبی را برای سازماندهی سطوح متفاوتی از جزئیات آناتومی و فیزیولوژیکی فراهم ‌کند و بتوان آن را بررسی و بطور مستقل اصلاح کرد یا به سایر ابزارهای توسعه یافته در زنجیره ابزار مدل‌سازی OpenWorm متصل کرد.
این مقاله بخشی از بحثی است که به مسئله «اتصال به رفتار: مدل‌سازی سی. الگانس در تفکیک‌پذیری سلولی» می‌پردازد.

The OpenWorm project has the ambitious goal of producing a highly detailed in silico model of the nematode Caenorhabditis elegans. A crucial part of this work will be a model of the nervous system encompassing all known cell types and connections. The appropriate level of biophysical detail required in the neuronal model to reproduce observed high-level behaviours in the worm has yet to be determined. For this reason, we have developed a framework, c302, that allows different instances of neuronal networks to be generated incorporating varying levels of anatomical and physiological detail, which can be investigated and refined independently or linked to other tools developed in the OpenWorm modelling toolchain. This article is part of a discussion meeting issue ‘Connectome to behaviour: modelling C. elegans at cellular resolution’.